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杨敬敏 基因检测与出生缺陷垂直阻断-韦翰斯生物-杨敬敏.pdf

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杨敬敏 基因检测与出生缺陷垂直阻断-韦翰斯生物-杨敬敏.pdf

1、基因检测与出生缺陷垂直阻断上海韦翰斯生物医药科技有限公司联合创始人 CTO 杨敬敏2023-05-0710-15%15-30%5.6%不孕不育自然流产出生缺陷不孕不育是人类生殖健康的一个主要问题,正成为世界继癌症和心脑血管疾病外第三大疾病。出生缺陷已成为婴儿死亡、致畸、致疾的重要原因顺利出生一个健康的孩子并不容易!顺利出生一个健康的孩子并不容易!一级预防:孕前一级预防:孕前二级预防:产前二级预防:产前三级预防:产后三级预防:产后携带者筛查携带者筛查胚胎植入前检测流产物遗传学检测有创产前诊断(羊水,绒毛)无创产前检测(NIPT-A,NIPT-plus,NIPT-M,NIPT-denovo)新生儿

2、基因筛查遗传病辅助诊断遗传病辅助诊断出生缺陷生命全周期防控不孕不育遗传学检测不孕不育遗传学检测流产物遗传学分析:流产物遗传学分析:CNV-seq+STR-seq不孕不育遗传学分析:不孕不育遗传检测panel/WES无创产前基因检测NIPT:染色体:WGSNIPT-Plus:染色体+微缺失/微重复NIPT-M:单基因遗传病:单倍型分:单基因遗传病:单倍型分析析胚胎植入前遗传学检测PGT-A:WGA+WGSPGT-M:WGA+SNP-chip/Panel(单倍型分析)单基因病单基因病如各系统单基因病基因包检测、全外显子组检测,其他特殊检测如MLPA、qPCR、动态突变检测新生儿基因筛查新生儿基因筛

3、查携带者筛查:携带者筛查panel/WES遗传病生命全周期预防单基因遗传病阻断方法胚胎植入前三代试管(PGT-M)孕早期无创产前单基因遗传病检测(NIPT-M)【已知变异】无创产前单基因遗传病筛查(NIPT-de novo)【未知变异】孕中期羊膜穿刺、绒毛膜活检、脐带穿刺术等羊水+一代测序/MLPA/其他孕前携带者筛查1.一、基因检测技术与遗传病诊断1.二、隐性遗传病携带者筛查1.三、胚胎植入前遗传学检测1.四、产前检测与无创产前检测一、基因检测技术与遗传病诊断罕见病并不罕见,且治疗困难 罕见病:普通人群中发生率低于1/2,000 的疾病;目前约有7,000种罕见病,其中80被认为是由于遗传因

4、素所导致;多数(50-75)罕见病累及儿童,且很多是具有一系列表型、累及多系统的严重疾病;这些疾病是儿科住院患儿的重要病因,35%的这些罕见病患儿在1岁内死亡;1/3的先天罕见病患儿的生存期将不超过5年。7,000种80%遗传因素导致50%儿童,主要死亡原因之一95%缺乏治疗药物基因组上的变异分类基因组上的变异分类一、涉及序列的变异一、涉及序列的变异A A,小范围的变异,小范围的变异1.单核苷酸变异,(通常称为单核苷酸多态性,通俗的说法就是单个DNA碱基的不同,简称SNP);2.小的Indel(Insertion 和 Deletion的简称),指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入

5、或者删除,其长度通常在1k bp以下;B B,大范围的变异,大范围的变异3.大的结构性变异,这种类型比较多,包括长度在1k bp以上的长片段序列的插入或者删除、染色体倒位,染色体内部或染色体之间的序列易位,拷贝数变异,以及一些形式更为复杂的变异。二、不涉及序列的改变二、不涉及序列的改变4.DNA修饰变异,主要指DNA上的甲基化/去甲基化修饰,属表观遗传学1.核型分析2.原位荧光杂交(FISH)3.染色体微阵列分析4.一代测序5.二代测序(NGS)6.三代测序7.全基因组光学图谱技术(OGM)8.MLPA9.Q-PCR检测技术手段主流测序主流测序仪仪ThermoThermo Fisher Fis

6、her 赛默飞世赛默飞世尔尔3730 xL3730 xL、37303730、3500 xL3500 xL、35003500、3130 xL3130 xL、3130/313130/310 020142014年收购年收购 LifeLife TechnologiesTechnologies20082008年合并年合并 InvitrogenInvitrogen20082008年合并年合并 AppliedApplied BiosystemsBiosystemsIonIon S5S5、IonIon PGMPGM、Ion protonIon proton等等20102010年由年由Life Life Tec

7、hnologiesTechnologies收收购购IonIon TorrentTorrentBGI/MGIBGI/MGI华大华大/华大智华大智造造MGISEQ-T7MGISEQ-T7、MGISEQ-MGISEQ-20002000、MGISEQ-200MGISEQ-200、BGISEQBGISEQ-500/-500/BGISEQBGISEQ-50-50,DNBSEQ-G99,DNBSEQ-E25DNBSEQ-G99,DNBSEQ-E2520132013年华大收购年华大收购 CompleteComplete GenomicsGenomicsIllumina Illumina 宜曼达宜曼达iSeqi

8、Seq、MiniSeqMiniSeq、MiSeqMiSeq、NextSeqNextSeq、HiSeqHiSeq、HiSeqHiSeq X X、NovaSeqNovaSeq,NovaSeqNovaSeq X plusX plus-2007年收购年收购SolexSolexOxfordOxford Nanopore Nanopore 牛津纳米牛津纳米孔孔FlogleFlogle、MinIONMinION、GridIONxsGridIONxs、PromethIOPromethION N成立于成立于20052005年年测序技术一代测序二代测序三代测序PacBioPacBio G

9、eneMindGeneMind真迈生物真迈生物GeneLabGeneLab M M,GeneCareGeneCare 1600 1600成立于成立于20122012年年RS RS IIII、PacBioPacBio Sequel,Sequel,RevioRevio等等成立于成立于2002004 4年年一代测序:Sanger 测序法,也称 DNA 双脱氧链末端终止法,是一种基于 DNA聚合酶合成反应的测序技术。其基本原理是:使用特异引物在 DNA 聚合酶作用下进行延伸反应,利用2,3-双脱氧三磷酸核苷(2,3-ddNTP 或简称 ddNTP)来终止 DNA 的延伸反应,以及采用聚丙烯酰胺凝胶或毛

10、细管凝胶区分长度差一个核苷酸的单链 DNA。一代测序新一代测序技术具有无可比拟的性价比优势新一代测序技术具有无可比拟的性价比优势传统的遗传学检测,单基因检测广泛应用的二代测序疾病:视网膜色素变性,RETINITIS PIGMENTOSA;RP基因:IMPDH1等67个基因遗传模式:ADARXLRMI一代测序:周期长:1月 成本高:10000元二代测序:周期长 20天 成本低,几千元一代测序技术 DNA上小的片段,1KB 快速、简单新一代测序技术 全基因组、外显子组等 分辨率高 高通量其他分型技术 低通量,少量位点或样本;操作便捷三代测序:Nanopore测序平台三代测序三代测序-Nanopor

11、eMLPA真假基因间重组与转换致病:先天性肾上腺皮质增生:真基因:CYP21A2假基因:CYP21A1P动态突变相关疾病及检测方法动态突变相关疾病及检测方法疾病疾病基因基因脊髓小脑共济失调8个亚型SCA1-ATXN1,SCA2-ATXN2,SCA3-ATXN3,SCA6-CACNA1A,SCA7-ATXN7,SCA8-ATXN8OS,SCA12-PPP2R2B,SCA17-TBP强直性肌营养不良DMPK 齿状核红核苍白球路易体萎缩ATN1Friedreich型共济失调FXN 肯尼迪病AR亨廷顿舞蹈症HTT、JPH3脆性X综合征FMR1定义:定义:指基因组内一些简单(如三核苷酸)串联重复序列的重

12、复拷贝数在每次减数分裂/有丝分裂过程中增多或减少。如某些遗传性神经系统疾病家系,三核苷酸重复序列拷贝数增加超过一定数目后可致病。特点:特点:重复序列拷贝数在减数分裂过程中发生异常变化。正常重复序列代间不超过一定范围,保持遗传稳定。重复序列扩展超过一定阈值,出现疾病表型。大部分动态突变疾病,三核苷酸重复拷贝数在世代相传中呈逐代增多趋势,临床表现发病年龄逐代提前,症状加重,遗传早现。Bionano全基因组光学图谱技术(OGM)遗传病检测遗传病检测检测内容检测内容检测技术检测技术检测疾病检测疾病点突变/小的indel基因包Panel测序、WES、一代测序染色体结构异常(中等程度、大的缺失重复等)染色

13、体芯片(CMA),CNV-seq,全基因组光学图谱(OGM)多重链接探针扩增(MLPA)染色体数目异常核型分析,荧光原位杂交染色体芯片(CMA),CNV-seq,全基因组光学图谱(OGM)特殊变异(动态突变、印记基因等)甲基化MLPA片段分析样本自动化处理样本自动化处理高通量测序平台高通量测序平台NGSNGS毛细管电泳毛细管电泳/Sanger/Sanger检测平台:检测平台:ABI 3730ABI 3730MGISEQ-2000 MGISEQ-2000 华大智造华大智造MGISEQ-200 MGISEQ-200 华大智造华大智造NextSeq 500 NextSeq 500 illuminai

14、llumina 溯远基因分析仪溯远基因分析仪(Classic116/108Classic116/108,Honer16Honer1616/181616/1816)厚泽全自动核酸厚泽全自动核酸分析仪分析仪Qsep100Qsep100自动化样本制备系自动化样本制备系统统 华大智造华大智造 MGISP-MGISP-960960自动化抽提自动化抽提 英英莱盾莱盾 LTAM-SP-LTAM-SP-QFQF染色体结构变异检测染色体结构变异检测BionanoBionano高分辨率全基高分辨率全基因组光学图谱扫描平台因组光学图谱扫描平台多多韦翰斯设备平台韦翰斯设备平台单分子单分子/染色体染色体PCRPCR自动

15、化样本制备系统自动化样本制备系统 华大智造华大智造 MGISP-100MGISP-100单分子测序单分子测序NanoporeNanopore第三代测序第三代测序PCRPCR仪仪罗氏罗氏LightCycler480LightCycler480IIII实实时荧光定量时荧光定量PCRPCR数字数字PCRPCR基因芯片平台二、隐性遗传病携带者筛查痛点:人人都是携带者 448种隐性遗传病,437个基因 2.8个致病变异/人 97%个体携带1个以上致病变异Bell CJ,Dinwiddie DL,Miller NA,Hateley SL,Ganusova EE,Mudge J,et al.Carrier

16、testing for severe childhood recessive diseases by next-generation sequencing.Sci Transl Med.2011;3(65):65ra4.携带者筛查单基因遗传病及携带者筛查单基因遗传病及携带者筛查n 常染色体隐性遗传n X连锁隐性遗传u 杂合变异携带者夫妻婚配生育时,生下患儿的概率为1/4,孩子是携带者的概率为1/2,正常孩子的概率为1/4。u 通常近亲婚配生育患儿的风险较高 女性携带者与健康配偶婚配生育,生下孩子是患者的概率为1/4(男孩),携带者的概率为1/4,正常孩子的概率为1/2。女性通常纯合变异才致病,

17、杂合变异携带者也可能有症状(由于X染色体失活)。致病变异位于X染色体上 男性患者与健康配偶婚配生育,生下孩子是携带者的概率为1/2,且携带者都为女孩。携带者筛查病种、指南发展史携带者筛查病种、指南发展史遗传遗传携带者筛查由单病种步入多病种时代1963:PKU screening available1970:Tay Sachs screening for individuals of AJ descent2001:ACMG and ACOG statements on CF screening2004:ACMG statement on Fragile X screening2008:ACMG

18、statement on Spinal muscular atrophy2013:ACMG statement on Expanded carrier screening2016:Whole exome ECS available2017:ACOG Committee Opinion“Carrier Screening in the Age of Genomic Medicine”单病种单病种单病种单病种单病种多病种多病种多病种国际遗传病筛查行业指南国际遗传病筛查行业指南l Stevens B,et.al.Obstet Gynecol.2017 Aug;130(2):279-284.案例-常染

19、色体隐性遗传 丙酸血症 临床信息:女性,34岁;男性,36岁。否认重大疾病史,目前打算备孕,为生育健康胎儿进行单基因遗传病携带者筛查。检测结果:女性PCCA 基因中发现5-6 号外显子杂合性缺失;男性PCCA 基因中发现1 个杂合经典剪接变异。PCCA基因致病性变异导致常染色体隐性遗传的丙酸血症,因夫妻均为同一基因可能致病变异携带者,其子女有25%的可能性成为患者,故建议PGT。变异变异序号序号基因名基因名变异变异描述描述gnomAD_EAS人群频率人群频率变异变异分类分类 合子型合子型亲属验证亲属验证结果结果丈夫丈夫妻子妻子M1PCCA chr13:g.100807232_100809594

20、 del未收录可能致病杂合未发现杂合M2PCCA NM_000282:exon16:c.1429+2TC未收录可能致病杂合杂合未发现u疾病介绍疾病介绍丙酸血症(Propionic acidemia,PA)是一种常染色体隐性遗传代谢病,中国发病率约为 0.6/100,000。PA 由 PCCA 和 PCCB 基因的致病变异引起。临床表现分为新生儿起病型及迟发型。新生儿起病型 PA 的症状通常在刚出生后的数小时到 1 周天内出现,包括拒食、呕吐、腹胀、肌无力。如不及时治疗,可出现昏迷、进行性脑水肿、呼吸窘迫以及死亡。迟发型 PA 的症状可分为慢性进展型和间断发作型。慢性进展型症状包括发育迟缓、慢性

21、呕吐、蛋白质不耐受等。间断发作型症状包括急性或反复间歇发作的脑病、昏迷或惊厥、代谢性酸中毒等u生育建议生育建议因夫妻均为同一基因可能致病变异携带者,其子女有25%的可能性成为患者,故建议遗传咨询,建议进行产前诊断或胚胎植入前诊断(PGT)。案例案例-常染色体隐性遗传常染色体隐性遗传 丙酸血症丙酸血症三、胚胎植入前遗传学检测PGT,preimplantation genetic testingPGT,胚胎植入前遗传学检测,在体外受精,胚胎植入前遗传学检测,在体外受精-胚胎移植技术基础上,通过对配子或胚胎进行活检后染色体和胚胎移植技术基础上,通过对配子或胚胎进行活检后染色体和(或)基因学检测,诊断

22、其遗传学物质是否存在单基因缺陷、非整倍体或染色体拷贝数异常等,选择无疾(或)基因学检测,诊断其遗传学物质是否存在单基因缺陷、非整倍体或染色体拷贝数异常等,选择无疾病胚胎植入子宫,从而获得健康的子代。病胚胎植入子宫,从而获得健康的子代。PGTpreimplantation genetic testing胚胎植入前遗传学检测胚胎植入前遗传学检测PGT-MPGT for monogenic defects植入前单基因检测植入前单基因检测PGT-SRPGT for structural rearrangements染色体结构变异检测染色体结构变异检测PGT-APGT for aneuploidies非

23、整倍体检测非整倍体检测PGT-A =PGSPGT-SR +PGT-M =PGDPGTPGT-A-A举例,分析胚胎染色体非整倍体,大的拷贝数变异举例,分析胚胎染色体非整倍体,大的拷贝数变异正常46,XY胚胎正常46,XX胚胎多条染色体异常13三体(1)STR,SNP分型,突变测序分析分型,突变测序分析(优选(优选夫妇双方及先证者)夫妇双方及先证者)单倍型构建单倍型构建(2)单倍型连锁分析)单倍型连锁分析方框为致病单体方框为致病单体 Embryo2,Embryo5为携带者为携带者 Embryo2移植后获得妊娠移植后获得妊娠基于单倍型胚胎植入前遗传学诊断(PGH)NGS,基因芯片单倍型与单倍型与 染

24、色体平衡易位染色体平衡易位PGH 染色体结构异常也是造成人类早期妊娠丢失和胚胎着床率低的重要原因。在不孕不育患染色体结构异常也是造成人类早期妊娠丢失和胚胎着床率低的重要原因。在不孕不育患者中染色体平衡易位是最常见的类型。者中染色体平衡易位是最常见的类型。染色体平衡易位是指非同源染色体的染色质发生交换而引起的染色体结构变化,包括相互染色体平衡易位是指非同源染色体的染色质发生交换而引起的染色体结构变化,包括相互易位和罗氏易位,在人群中的发生率为易位和罗氏易位,在人群中的发生率为1/5001/625,在反复自然流产和反复胚胎移植失败的患者,在反复自然流产和反复胚胎移植失败的患者中高达中高达4%-5%

25、。Zhang S,Lei CZhang S,Lei C,Zhang Y.Theestablishment and application of preimplantation genetic haplotyping in embryodiagnosis for reciprocal and Zhang Y.Theestablishment and application of preimplantation genetic haplotyping in embryodiagnosis for reciprocal and Robertsonian translocation carriers.

26、BMC MedGenomics.2017 Oct 17;10(1):60.Robertsonian translocation carriers.BMC MedGenomics.2017 Oct 17;10(1):60.相互易位相互易位,减数分裂时理论上产生32种不同类型的配子,其中只有1种正常,1种为易位携带型。罗氏易位罗氏易位,减数分裂理论上产生6种不同类型的配子,其中只有1种是正常型,1种为易位携带型。46,XX,t(11;16)(p11.2;p13.1)pat46,X,t(11;16)(p11.2;p13.1)胚胎植入前全基因组单体型分析(胚胎植入前全基因组单体型分析(PGH)思路)思

27、路男方染色体:46XY;女方染色体:46,XX,t(11;16)(p11.2;p13.1)核型分析结果验证核型分析结果验证既往分析:只检测CNV的胚胎;如区别正常与携带者,采用NGS;大片段分离等复杂方法我们采用家系分析方法,确定平衡易位单倍型。不是利用异常胚胎,主要上溯源孕妇父母不是利用异常胚胎,主要上溯源孕妇父母病例1 PGT-M(1)PGT-M 样本信息(2)19号染色体单倍型分析女方男方胚胎1胚胎2M0 M1F0 F1样本基因变异类型基因型疾病遗传方式是否异常男方:刘*STK11c.180CG杂合Peutz-Jeghers syndromeAD是注:男方F1单倍型携带致病变异基因样本单

28、倍型结果PGT-M检测结果一代测序验证PGT-A检测结果女方M0/M1不携带不携带正常男方F0/F1携带携带正常胚胎1M1/F0不携带不携带46,XN,-X(mos,1,49%)-7(mos,1,54%)-14(14M,1)胚胎2M1/F0不携带不携带正常(3)目的基因单倍型分析、一代测序验证和PGT-A检测结果PGT-M用目标变异上下游区域进行单倍型分析,胚胎1和胚胎2不携带目标变异。芯片核型分析结果提示胚胎1的7号染色体单体嵌合、14号染色体区段缺失、X染色体单体嵌合;胚胎2的染色体数目未见明显异常,建议移植胚胎2。新发变异携带者夫妇PGT 靶向单倍型获取技术:新发变异(CNV,点突变,结

29、构变异)Exon1 deletion90kb deletionMisseneseSplicing四、产前基因检测一.产前诊断产前诊断 传统方法:羊水穿刺 绒毛膜取样等 缺点:有创,流产风险 孕中后期,11周 某些疾病不适用:母胎溶血 优点:技术要求不高 无创:孕妇外周血 缺点:技术要求极高 优点:无创 孕早期开始,8周 适用于各种疾病Wieacker P,Steinhard J.The prenatal diagnosis of genetic diseases.Dtsch Arztebl Int.2010;107(48):857-62.Carlo Vermeulen et al.Sensit

30、ive Monogenic Noninvasive Prenatal Diagnosis by Targeted Haplotyping.The American Journal of Human Genetics 101,326339,September 7,2017无创产前诊断(NIPD)意义1.优生优育:严重的遗传疾病2.超早期治疗:可孕中治疗或干预的遗传病3.早期预防和干预:新生儿或早期可治性遗传病4.提供更好的遗传咨询和生育选择胎儿游离DNA的临床应用 性别检测:在确定胎儿游离DNA存在的情况下,通过检测游离DNA中Y染色体信号自然可以判断遗传基础上的性别。非侵入性筛查/检测 胎儿亲

31、缘关系鉴定(胎儿亲缘关系鉴定(NIPT-paternity)胎儿染色体数目异常筛查(胎儿染色体数目异常筛查(NIPT-A,Aneuploidy)()(一般用于检测一般用于检测13、18、21、X和和Y染色体数目异常染色体数目异常)胎儿染色体微缺失微重复筛查(胎儿染色体微缺失微重复筛查(NIPT-plus)胎儿(显性)单基因遗传病新发变异筛查(胎儿(显性)单基因遗传病新发变异筛查(NIPT de novo)胎儿单基因遗传病检测(胎儿单基因遗传病检测(NIPT-M/NIPD,monogenic)胎儿结构变异携带筛查(胎儿结构变异携带筛查(NIPT-SR,structural rearrangeme

32、nts)非侵入性筛查/检测(Noninvasive Prenatal Testing/Diagnosis,NIPT/NIPD)的意义:有创侵入性筛查(绒毛膜取样、羊水穿刺)一方面有伤害到胎儿或者导致流产的风险、一方面对孕周数有要求无法实现早筛。二、单基因遗传病-NIPT研究策略(NIPT-M)游离DNA浓度低,游离DNA片段小 游离DNA中胎儿比例低(约5%-20%)母本背景影响比较大:母源性突变困难 父源变异相对容易 检测成本高,检测周期长遗传模式父源母源母本背景影响父母相同突变AR+M1+M1高/AR+M1+M2低可检测父源突变AD+-低可检测父源突变AD-+高/XLD+-低可检测父源突变

33、XLD-+高/XLR-+高/XLR+-低可检测父源突变XLR+M1+M1高/XLR+M1+M2低(女胎)可检测父源突变XLR+M1+M2高(男胎)/01蕴可安 产品介绍产品简介蕴可安与传统产前诊断方案相比 不局限于检测几十种显性遗传病,涵盖了2000+基因相关的单基因遗传病 在极短周期(15个工作日)内准确高效检测 在孕早期(怀孕8周)即可检测,便于后期临床选择 准确性99%,远高于常规产前筛查。完成数百个家系测试样本的检测分析,其羊水验证结果一致率达100%韦翰斯蕴可安韦翰斯蕴可安-部分基因展示Metabolism代谢系统Skeletal骨骼系统Reproductive生殖系统Nervous

34、神经系统Cardiovascular心血管系统苯丙酮尿症苯丙酮尿症PAHPAH黏多糖贮积症黏多糖贮积症GALNSGALNS、GLB1GLB1、HYAL1HYAL1等等肝豆状核变性肝豆状核变性ATP7BATP7B家族性高胆固醇血症家族性高胆固醇血症PCSK9PCSK9、LDLRLDLR、GHRGHR等等青少年发病成年型糖青少年发病成年型糖尿病尿病HNF4AHNF4A、GCKGCK、PDX1PDX1等等变异性卟啉病变异性卟啉病PPOXPPOX、HFEHFE3-3-甲基戊酸尿症甲基戊酸尿症AUHAUH、OPA3OPA3、DNAJC19DNAJC19等等半乳糖血症半乳糖血症GALTGALT高血钾性周期

35、性麻痹高血钾性周期性麻痹SCN4ASCN4A家族性红细胞增多症家族性红细胞增多症VHLVHL、EPOREPOR成骨不全症成骨不全症TMEM38BTMEM38B、COL1A1COL1A1、COL1A2COL1A2等等Ehlers DanlosEhlers Danlos综合征综合征PLOD1PLOD1、TNXBTNXB、COL1A2COL1A2等等Van Van BuchemBuchem病病LRP5LRP5低血磷性佝偻病低血磷性佝偻病ENPP1ENPP1、DMP1DMP1等等软骨发育不良软骨发育不良/全全FGFR3FGFR3、SLC26A2SLC26A2等等干骺端骨发育不良不干骺端骨发育不良不伴毛

36、发稀少伴毛发稀少PMRPPMRP骨硬化症骨硬化症TNFSF11TNFSF11、TNFRSF11ATNFRSF11A、LRP5LRP5等等骨质疏松症骨质疏松症COL1A1COL1A1、COL1A2COL1A2、LRP5LRP5等等46,XX46,XX性逆转性逆转NR5A1NR5A146,XY46,XY性逆转性逆转NR0B1NR0B1、NR5A1NR5A1等等单纯性生长激单纯性生长激素缺乏症素缺乏症GHRHRGHRHR、BTKBTK等等精子生成障碍精子生成障碍NR5A1NR5A1、PMFBP1PMFBP1、MEIOBMEIOB等等卵巢发育不全卵巢发育不全ESR2ESR2、SOHLH1SOHLH1、

37、FSHRFSHR等等性早熟性早熟LHCGRLHCGR、KISS1RKISS1R、MKRN3MKRN3等等尿道下裂尿道下裂ARAR、MAMLD1MAMLD1等等早衰样综合征早衰样综合征ERCC4ERCC4胎儿运动不能胎儿运动不能变形序列征变形序列征RAPSNRAPSN、DOK7DOK7等等卵母细胞成熟卵母细胞成熟缺陷缺陷PANX1PANX1、PATL2PATL2、WEE2WEE2等等女性黄体激素女性黄体激素抵抗抵抗LHCGRLHCGR先天肌营养不良症先天肌营养不良症COL6A1COL6A1、COL6A2COL6A2、COL6A3COL6A3等等Emery-Emery-DreifussDreifu

38、ss肌影肌影响不良响不良EMDEMD、LMNALMNA、TMEM43TMEM43等等先天性肌强直先天性肌强直CLCN1CLCN1、SCN4ASCN4A等等痉挛性截瘫痉挛性截瘫KIF5AKIF5A、ZFYVE26ZFYVE26、BSCL2BSCL2等等脑水肿综合征脑水肿综合征KIF7KIF7先天性痛觉缺失症先天性痛觉缺失症SCN9ASCN9A原发性小头畸形原发性小头畸形STILSTIL、MCPH1MCPH1等等SegawaSegawa综合征综合征THTHTateyamaTateyama型末端肌型末端肌病病CAV3CAV3家族性限制性心家族性限制性心肌病肌病TNNI3TNNI3、TNNT2TNNT

39、2、MYPNMYPN等等家族性原发性肺家族性原发性肺动脉高压动脉高压BMPR2BMPR2等等进行性家族性心进行性家族性心脏传导阻滞脏传导阻滞SCN5ASCN5A、TRPM4TRPM4扩张型心肌病扩张型心肌病ACTN2ACTN2、DSG2DSG2、MYH6MYH6等等长长QTQT综合征综合征KCNQ1KCNQ1、SCN4BSCN4B、ANK2ANK2等等肥厚型心肌病肥厚型心肌病MYPNMYPN、ACTN2ACTN2、LDB3LDB3等等高脂蛋白血症高脂蛋白血症GPIHBP1GPIHBP1、LPLLPL等等MYHREMYHRE综合征综合征SMAD4SMAD4NaxosNaxos病病JUPJUPTi

40、mothyTimothy综合征综合征CACNA1CCACNA1C阵发性家族性室阵发性家族性室颤颤SCN5ASCN5A、DPP6DPP62000+基因2500+遗传病靶向捕获高通量测序+单倍型分析韦翰斯蕴可安韦翰斯蕴可安-分析方法学直系亲属父母单倍型胎儿单倍型公司合作发表文章:NIPT-M的临床应用 我司与湖北妇幼保健院于2022年发表了一篇在面肩肱肌营养不良症1型(FSHD1)家系中开展无创产前诊断临床实践的研究,检出一例家系胎儿携带FSHD1致病变异。显示无创产前检测技术不仅可以应用于点突变引起的单基因病、存在同源基因的单基因病,还可以尝试应用于动态突变相关的单基因病的产前筛查中。受检者信息

41、:男,1.3岁,临床怀疑大疱性表皮松解症,自述无家族史。检测策略:家系临床全外显子测序(含线粒体)检测结果:发现受检者携带COL7A1 基因上的两个变异,二代测序和一代测序验证结果显示这两个变异真实可靠,分别遗传自父母,构成复合杂合变异。COL7A1 基因异常可导致常染色体隐性遗传的营养不良性大疱性表皮松解症。胎儿出生后经Sanger测序验证与无创检测的结果一致。该案例成功地运用基于单倍型分析的NIPT-M实现了胎儿常染色体隐性营养不良性大疱性表皮松解症的无创产前诊断。后续:这对夫妻再次怀孕后,及早的进行诊断胎儿是否遗传到变异M1和M2,送检蕴可安TM无创产前单基因遗传病检测项目,通过靶向二代

42、测序及生信分析,发现胎儿未携带母源目标变异,携带父源目标变异。无创产前检测公司合作发表文章公司合作发表文章:大疱性表皮松解症的无创产前诊断复旦大学附属妇产科医院徐丛剑教授团队基于大样本量的队列研究,证明无创方法也适用于胎儿染色体重排检测。首次提出使用母体游离胎儿DNA检测胎儿平衡染色体重排的非侵入性方法。该临床研究已于2023年1月初发表在国际权威期刊临床转化医学杂志该研究团队共纳入了53个病例家系,最终46名孕妇进行了NIPT-SR检测(其中44例是通过PGH脱染技术妊娠,2例是自然妊娠,其余7例纳入后失访或未妊娠),包括相互易位30例,罗氏易位13例,臂间倒位3例。孕妇为平衡易位携带者,核

43、型46,XX,t(1;20)(q25;p11.2),遗传自其母亲。检测结果:胎儿继承了与正常染色体连锁的母体单倍型。通过羊水细胞核型分析验证结果准确高效。公司合作发表文章:NIPT-SR的临床应用(2)STK11-PCR扩增断点验证胚胎胚胎12345废弃胚胎废弃胚胎1234女方女方 男方男方跨断点PCR电泳示意图断点断点1 1断点断点2 214.6 kbFR1000bp750bp跨断点PCR引物设计示意图病例1 PGT-M样本基因变异类型基因型疾病遗传方式是否新发女方:刘*STK11exon1 del杂合Peutz-Jeghers syndromeAD是(1)PGT-M 样本信息样本单倍型结果

44、PGT-M检测结果一代测序验证女方M0/M1携带携带男方F0/F1不携带不携带胚胎1M1/F0携带携带胚胎2M1/F0携带携带胚胎3M0/F0不携带不携带胚胎4M0/F0不携带不携带胚胎5M0/F0不携带不携带(4)目的基因单倍型分析和一代测序验证PGT-M用目标变异上下游区域进行单倍型分析,胚胎3、胚胎4和胚胎5不携带目标变异。(3)19号染色体单倍型分析女方男方胚胎1胚胎2胚胎3胚胎4胚胎5M0 M1F0 F1注:女方M1单倍型携带致病变异基因 女方胚胎移植成功后,孕中第8周进行NIPT-M检测 NIPT-M 检测方法:目标区域捕获建库+二代测序;家系单倍型推导,判断胎儿是否携带目标变异。

45、家系单倍型示意图家系单倍型示意图母源目标变异NM_000455.5(STK11):exon1 del所在单倍型标记为M0,对目标变异区域进行单倍型分析,胎儿未携带母源目标变异单倍型。(5)NIPT-M(蕴可安TM)02蕴馨安产品介绍NIPT-denovo产品简介产 品 简 介蕴馨安针对临床早发的、发病率高、后果严重的显性单基因病,构建了涵盖157种疾病的126个基因的产前筛查panel,通过孕妇外周血游离DNA(cfDNA)直接筛查胎儿相关基因外显子区域及毗邻区域(土10bp)的致病/可能致病突变。panel覆盖了临床常见的成骨不全、软骨发育不全/发育不良、骨硬化症、婴儿早期癫痛性脑病、前脑无

46、裂畸形、多囊肾病、Noonan综合征、德朗热综合征、Stickler综合征、Loeys-Dietz综合症、Charge综合征、Apert综合征、Costello综合征、Rett综合征、歌舞伎综合征等,涉及到骨胳、神经、皮肤、肾脏等多个系统。父源变异或新发变异(有/无)基于这种存在不存在的标准,已成功应用于父系遗传常显、新发突变和双亲携带不同突变类型,常染色体隐性遗传病父系遗传等位基因排除性诊断上。蕴馨安蕴馨安TM父系变异、新发变异父系变异、新发变异Nature(2017)1的一篇论著发现,任何子代都存在平均70.3个新发突变;子代新发突变与父母年龄成正相关,父亲每增加1岁,孩子增加1.51个新

47、发突变;母亲每增加1岁,孩子增加0.37个新发突变。新发突变发生在特定的致病或可能致病位点,就可能导致疾病发生。这类基因新发突变,是绝大多数单基因显性遗传病的发病原因。1 Jnsson H,Sulem P,Kehr B,et al.Parental influence on human germline de novo mutations in 1,548 trios from IcelandJ.Nature,2017,549(7673):519-522.新发突变与父母受孕年龄的关系新发突变与父母受孕年龄的关系蕴馨安蕴馨安TM方法学方法学单分子标签技术(单分子标签技术(UniqueMolecu

48、larIdentifier,UMI)UMI技术的原理是在PCR扩增前给每一条原始DNA加上一段特有的短标签序列,在建库和测序完成之后可以根据标签序列和比对位置回溯到原始DNA,通过比对来源于同一DNA的多条序列的共同序列(consensus)来甄别突变是真实的还是引入(文库制备、靶向富集或测序)的随机错误。uUMI测序可以降低假阳性变异检出的概率,同时能提高变异检测的灵敏度。由于起始样本中的每个核酸都有唯一的分子条形码,因此,生物信息学软件可以高度精确地过滤出重复的read和PCR错误,报告唯一read,从而在最终数据分析之前消除已识别的错误。Karst S M,Ziels R M,Kirke

49、gaard R H,et al.High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencingJ.Nature methods,2021,18(2):165-169.孕妇本人非单基因显性遗传病的患者;尤其是胎儿父亲的高龄,父亲的年龄越高,单基因显性遗传病新发突变的发生几率越大;妊娠11周13周+6,NT2.5mm,T异常增厚。NT异常增厚可提示提示胎儿患有单基因遗传病或胎儿结构畸形(心脏畸形、骨骼畸形等),发育迟缓等其它异常情况。01

50、.02.03.高龄夫妇所有正常孕妇NT异常增厚但染色体筛查阴性轻微异常,不足以临床决定产前诊断的,如轻度双侧脑室增宽等。或者孕妇本人拒绝传统的有创产前诊断方式的。04.超声异常适用人群适用人群单基因显性遗传病患者的孕妇;孕妇接受过移植手术、异体细胞治疗或者1年内接受异体输血等;孕期合并恶性肿瘤。孕妇孕周10周。不适用人群样本类型样本类型样本要求样本要求送检条件送检条件孕妇外周血游离DNA保存管10mL72小时内送至实验室,常温运输韦翰斯蕴馨安韦翰斯蕴馨安-案例展示案例展示1 1孕妇情况:孕妇情况:26岁,孕22周,胎儿双侧肱骨及胫腓骨略弯曲,骨发育异常。检测结果:检测结果:对受检孕妇外周血提取

51、的游离DNA样本进行基因变异分析,发现COL1A1基因上的1个杂合移码变异c.579del,COL1A1基因异常导致常可导致常染色体显性遗传的成骨不全症 I 型(Osteogenesis imperfecta,type I,OMIM#166200)或成骨不全症型(Osteogenesis imperfecta,type II,OMIM#166210)或成骨不全症型(Osteogenesis imperfecta,type III,OMIM#259420)等疾病。成骨不全症成骨不全症项目名称项目名称技术痛点难点技术痛点难点解决办法解决办法结果呈现结果呈现NIPT-M胎儿游离DNA含量低,信号干扰

52、 多种单倍型构建技术;多组合有效点的利用;创新生信分析方法。先进单倍型构建技术;准确性达99%;可检测基因2000+。有效SNP的数量和分布具有人群不确定性无法获取完整三口家系样本单基因病数量多,类型复杂创新探针设计,检测2000+基因NIPT-denovo扩增、测序产生碱基随机错误标记原始DNA,消除错误碱基准确、高效筛查200+基因。市面NIPT-M可检测基因数量少检测200+显性致病基因韦翰斯生物成立于2016年,上海市遗传病基因检测和出生缺陷三级防控专业技术服务平台,上海市遗传病基因检测和出生缺陷三级防控专业技术服务平台,遗传病筛查与诊断、流产物检测、遗传病筛查与诊断、流产物检测、新发

53、突变单基因阻断新发突变单基因阻断领导品牌领导品牌。公司总部位于上海国际医学园区,旗下拥有独立第三方医学检验实验室(LDT/上海)、IVD(基因检测试剂盒及设备)及POCT生产基地(设备及配套检测试剂);业务涵盖遗传病筛查(三级预防)、遗传病辅助诊断、不孕不育与流产物检测、无创产前单基因遗传病检测与筛查(NIPT-M,NIPT-De Novo)、单基因遗传病阻断检测(PGT-M)、亲缘关系检测及遗传病方向科研合作等;与数百家业内顶级医疗机构及专家建立牢固合作关系。公司拥有遗传病方向各类检测平台:一代测序、二代测序(illumina、华大)、Bionano(结构变异)、QPCR等,可以为遗传病检测

54、及科研提供各类完整的解决方案;公司拥有已授权专利20项、实审与受理中专利15项、软著43项、商标40项,医疗器械注册证34项,CE认证26项。公司已完成经纬中国、华耀资本、盛山资产等经纬中国、华耀资本、盛山资产等知名机构数轮融资。公司成立,公司成立,获数百获数百万元天使轮融资万元天使轮融资2016加码研发,向加码研发,向遗传病方向进遗传病方向进发发2017A A轮融资;国轮融资;国家高新技术企家高新技术企业业2018A+A+轮融资;获得轮融资;获得医疗机构执业许医疗机构执业许可证可证2019Pre-BPre-B轮投资;轮投资;收购整合收购整合POCTPOCT2020建设建设IVDIVD各各产品

55、管线产品管线2021公司介绍公司介绍核心产品及核心产品及技术陆续推技术陆续推出出2022n 上海上海医学检验实验室医学检验实验室执业许可执业许可n“国家高新技术企业国家高新技术企业”荣誉荣誉 n 上海市上海市“新锐创业企业新锐创业企业”称号称号n 20202020年年“复旦之星亚军复旦之星亚军”称号称号n 获获20202020年年云锋基金云锋基金支持支持n 上海市遗传病基因检测和出生缺上海市遗传病基因检测和出生缺陷三级防控专业技术服务平台陷三级防控专业技术服务平台n“知识产权管理体系认证证书知识产权管理体系认证证书”n 浦东新区浦东新区重点科技创业企业重点科技创业企业n 20212021福布斯

56、福布斯“基因检测新星奖基因检测新星奖”n 全国全国NGSNGS建库大赛建库大赛特殊贡献奖特殊贡献奖n 上海市专精特新上海市专精特新企业荣誉企业荣誉n 上海市遗传学会上海市遗传学会理事单位理事单位n 安永复旦安永复旦“最具潜力企业最具潜力企业”专利专利1919软著软著4040商标商标4040荣誉资质荣誉资质谈凌云联合创始人/COO/董事上海交通大学MBA,北大光华与北大医学联合商学院项目第一期在读,20年以上营销及管理经验,深厚的业内资源;营销能力、执行力强,成功推动公司营销实现高速增长;杨敬敏联合创始人/CTO/董事复旦大学遗传学博士,师从金力院士;复旦大学/国家卫健委出生缺陷与生殖健康重点实

57、验室联合培养博士后;上海市遗传学会遗传与分子诊断专委会委员;参与今日遗传咨询编写,申请软著20多项,发明专利10余项;高鹏飞 创始人/CEO/董事长复旦大学生物专业研究生;长江商学院EMBA;亿万学院三期、张江高科895创业营;战略、管理与市场经验丰富;NGS行业及LDT细胞分子遗传学最早一批从业者;杨熙 博士 复旦大学本硕博,博士期间参与国家重点研发计划“生殖健康及重大出生缺陷防控研究”,以第一或并列第一作者在Human Genetics,Journal of Medical Genetics等遗传学权威杂志上发表SCI论文6篇,累计影响因子逾30分。师从哈佛医学院附属波士顿儿童医院吴柏林教

58、授,擅长医学统计学和多组学数据的生物信息学分析,以共同第一作者于Nature Communication等多个杂志发表过论文。吴一鸣 博士 任丁 博士 复旦大学生命科学院遗传工程国家重点实验室博士后,期间主要从事基因的克隆与功能研究。精通分子生物学及遗传学方向。复旦大学生命科学院博士研究生,以第一或共同第一作者在国际知名期刊上发表多篇文章。精通遗传与分子生物学方向。糜利敏 博士 日本国立九州大学系统生命科学学府生物化学专业。复旦儿科博士后,导师王建设教授,专攻儿童罕见遗传性肝病的分子遗传学诊断和机制研究;张晶 博士牛巧娜 博士上海交通大学生物学博士研究生,分子病原学和免疫生物学研究方向,以第一或共同第一作者在国际知名期刊上发表多篇文章。李建永 博士 中国科学院大学,无机化学(医疗器械方向)博士;12年医疗诊断领域研发和管理经验,熟悉体外诊断行业相关产品及主要功能;颜雪 博士 美国南加州大学干细胞生物学与再生医学 CSC 联合培养博士,上海中医药大学公共健康学院预防医学教研室师资博士后。谢谢 谢谢 聆聆 听听 欢欢 迎迎 合合 作作让每个家庭都有健康的孩子遗传病诊断筛查领域深耕者

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