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基于 CPU-GPU 异构平台的第一性原理密度泛函理论高性能计算.pdf

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基于 CPU-GPU 异构平台的第一性原理密度泛函理论高性能计算.pdf

1、胡伟 合肥微尺度物质科学国家研究中心 中国科学技术大学 基于CPU-GPU异构平台的第一 性原理密度泛函理论高性能计算 目 录 3第一性原理功能材料设计和计算模拟 2CPU-MPI和GPU-CUDA异构并行计算 1第一性原理密度泛函理论简介 3 理论计算化学 分子 动力学催化光谱 固体材料生物药物 应用需求广泛 体系错综复杂 实验 计算理论 研究领域:理论与计算化学 基于第一性原理(量子力学)的理论计算方法 不需要任何实验参数,只需要原子结构和一些基本物理常量 揭示物质的本质和调控物质的特性 设计新型先进功能材料并预测新奇性质 模拟并解释实验新现象,分析本征物理化学机制 1 4 生物体系 固液

2、界面 密度泛函理论 Kohn-Sham方程 如何算得更准、更快、更大 1 5 如何实现大规模密度泛函理论计算? Kohn-Sham方程 基础前沿交叉:量子力学、理论化学、数值算法、高性能并行计算 第一原理计算对于材料、能源、环境、生物等领域的重要意义 如何算得更准、更快、更大? 准:第一性原理密度泛函理论 大:低标度计算(线性标度) 快:高性能计算和超级计算机 先进功能材料和能源材料 高性能计算软件与大数据平台 1 软件 高性能计算 超级计算机 实验 计算理论 6 单核时代的摩尔定律 CPU时钟频率每18个月翻一番 CPU制造工艺逐渐接近物理极限 功耗和发热成为巨大的障碍 2 7 GPU vs

3、 CPU 设计重心转向到多核异构的集成技术 GPU是一种特殊的多核处理器 更强的浮点计算能力、存储器带宽 2 8 CPU-GPU异构平台 CPU:Latency-Oriented 更多资源用于缓存和逻辑控制 GPU:High Throughput-Oriented 更多资源用于计算,适用 于高并行性、大规模数据密集型、可预测的计算模式 CPU-GPU异构平台:结合两者优势加速第一性原理计算 2 data from https:/ 9 计算软件:国内外研究现状 美国伯克利国家实验室和中科院超算软件运行统计 欧美垄断:通用计算软件种类繁多、功能强大、使用广泛 卡脖子:国内缺少独立研发的、完整的、通用的科学计算软件 第一性原理计算材料模拟占主导地位 瓶颈:VASP排名第一,模拟数百原子体系,小规模千核并行计算 2 10 开发第一性原理高性能计算软件 PWDFT: Plane-Wave Densi

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