1、科学数据的引用、交互和规范化研究提纲1.现状和背景2.我国总体科学数据引用情况分析3.生物多样性领域案例数据的演化Jeff Tuzik,2015：http:/ 全国科学技术名词：20万+全球ORCID作者库 STKOS：60万+中国分类主题词表：10万+Wikidata：500万+各类领域本体资源服务 文献：文章、图书、学位论文 专利 馆藏（标本/档案/图书/博物馆）科学数据 多媒体 算法、代码 资源订购边界扩展性：各类植物图像库的资源累计超过1000万张（还是不到2万个物种）。系统性：中国总共有3.4万种高等植物，其中有图像的植物物种不到2万种。分析挖掘：计量分析内容内容分析工具软件 数量S

2、PSS327MATLAB1153ArcGIS528mapinfo18arcinfo106开源335excel127mysql59Sql server59Oracle120superMap28Ansys 568Fluent159ERDAS60编程语言 数量python40java367VB484c+462perl44php62javascript37R语言5Scala33Fortran58c#6528万篇中科院中文文章机构国别作者主题词学科年度Bari Manifesto(巴里宣言）改进生物多样性信息学的10个原则1.DMP（Data Management Plan，数据管理计划）2.Data

3、structure（数据结构）3.Metadata（元数据）4.Data quality（数据质量）5.Services（服务）6.Workflows（工作流）7.Provenance（出处）8.Ontologies/vocabularies（本体/术语表）9.Data preservation（数据存储）10.Accessibility（可访问性）Hardisty,A.R.,Michener,W.K.,Agosti,D.et al.(2019).The Bari Manifesto:An interoperability framework for essential biodiversit

4、y variables.Ecological Informatics,49,22-31.https:/doi.org/10.1016/j.ecoinf.2018.11.0032018年2月26-28日在意大利巴里召开GLOBIS-B项目研讨会，重点讨论BRIs（Biodiversity Research Infrastructures，生物多样性研究基础设施)的交互操作。下一步计划：1.Standards bodies（标准体建设）2.BRIs（生物多样性研究基础设施）3.Research communities（研究社区）4.Research and infrastructure funde

5、rs（资助基金）原始数据EBV数据产品相关指标物种2000中国节点The Plant List物种2000全球节点International Plant Names Index(IPNI)植物志动物志名录GBIF，全球最大NSII（国家标本资源共享平台）iDigBio，北美最大标本平台Atlas of Living AustraliaCForBio&SinoBONGlobal Plants on JSTOR科技基础条件平台&科学数据库标本&观测CFH（中国自然标本馆PPBC（中国植物图像库）中国鸟网科学数据库中的生物图像EOL（Encyclopedia of Life）澳大利亚植物图像索引美国

6、农业部植物图像集 Wikispecies，wikipedia图像BHL（生物多样性历史文献图书馆）BHL中国节点eFlora.org在线植物志项目中国植物志在线版中国动物志在线版文献 Barcode of Life Data Systems NCBI 中国西南野生生物种质资源库 中国珍稀濒危植物DNA条形码 中药材DNA条形码鉴定系统DNA序列 澳门生物多样性数据中心 香港农业、渔业和保护部 台湾GBIF节点 四川省自然科技资源共享平台 广西植物资源信息共享平台地方资源资源类型：拼图“3S”数据资源GPS：传感器、无人机、内置定位装置GIS：GIS图层和GIS服务：WMS、TMSRS：近地面遥

7、感数据（如LIDAR数据等）资源研究中国生物多样性监测网 框架原型功能 强调时空属性 多源观测（文献和台站）数据整合结构SinoBON的历史数据在那里？期刊：2055个监测地：109个植物：7871动物：1780菌物：78（文章：26385篇，109个台站）年份统计图王东辉.昆明盆地第四纪沉积环境演变D.中国地质大学（北京）,2006.昆明地区工程地质钻孔KZ3-2：地层、测年、孢粉和滇科1井（1982年）的对比昆明市自卫村场地KZ3-2钻孔科学数据与出版物的关系数据平台AuthorSpatialSoftwareTitleLicenseDOICitation 数据集数据平台数据记录出版物Tit

8、le,author,institute,fund,format,journal,publisher,DOI,year,keyword,subject,geotags文章内部要素特定学科对象的知识图谱提纲1.现状和背景2.我国总体科学数据引用情况分析3.生物多样性领域案例数据引用的三个层次1.全球生物多样性信息网络.GBIF.http:/www.gbif.org,2016.2.Global Biodiversity Information Facility.2015-12-20.http:/www.gbif.org/3.GBIF.Free and open access to biodivers

9、ity data.2015-07-03.http:/www.gbif.orgRepository（平台）Dataset（数据集）Record（记录）1.https:/www.gbif.org/occurrence/767912351.2.Grant S,Maier C.Field Museum of Natural History(Zoology)Insect,Arachnid and MyriapodCollection.Version 12.9.Field Museum.2018.2018-10-19.https:/www.gbif.org/occurrence/1142303306.3.

10、Global Biodiversity Information Facility.2013.The Global Biodiversity Information Facility:GBIF Backbone Taxonomyonline.Available from http:/www.gbif.org/species/2740092 accessed21 November 2014.1.Taiwan Biodiversity Information Facility(TaiBIF):National vegeta-tion diversity inventory and mapping p

11、lanDB.accessed throughGBIF data portal,http:/data.gbif.org/datasets/resource/8374,2012-12-21FAIRF:Findable，可检索A:Accessible，可访问I:Interoperable，可交互R:Reusable，可重用FAIR 指导原则Mark D.Wilkinson et al.,Nature,2016.https:/ 622 Articles contain“GBIF”keywords 90 articles have GBIF References1.Grant S,Maier C.Fie

12、ld Museum of Natural History(Zoology)Insect,Arachnid and Myriapod Collection.Version 12.9.Field Museum.2018.2018-10-19.https:/www.gbif.org/occurrence/1142303306.2.Global Biodiversity Information Facility.2013.The Global Biodiversity Information Facility:GBIF Backbone Taxonomyonline.Available from ht

13、tp:/www.gbif.org/species/2740092accessed21 November 2014.徐翔,许瑶,谢婷,孙青青,田永兰,张化永.朝鲜淫羊藿于中国东三省的潜在分布预测.生态学杂志.2018,37(7): about Data and Techniques,52 about Invasive Species.引用规范（标识符、格式、位置）1.urn:lsid:pdb.org:1AFT:1蛋白质数据1AFT 蛋白质的第一个版本2.urn:lsid:ncbi.nlm.nih.gov:pubmed:12571434PubMed的一篇文章3.urn:lsi

14、d:ncbi.nlm.nig.gov:GenBank:T48601:2GenBank 中的一条数据的第二个版本4.urn:lsid:cvh.org:specimen:PE00005432:2国家标本平台的中科院植物所的一份实体标本DOILSIDLife Sciences Identifier(LSID，生命科学标识符)数据引用统计分析（有效引用）数据引用回溯访问分析如何在更新升级中确保稳定性？标识符的作用？FAIR（可查找、可访问、可交互、可重用）原则的具体体现和操作？长白山地区的动物共现关系140篇文献117条共现记录物种1物种2共现数量中国林蛙极北鲵5双翅目膜翅目5双翅目鳞翅目4双翅目鞘翅

15、目4鞘翅目鳞翅目4凤蝶科粉蝶科3东方铃蟾极北鲵3东方铃蟾中国林蛙3膜翅目鳞翅目3膜翅目鞘翅目3双翅目食蚜蝇科3东北林蛙中国林蛙3中国林蛙黑龙江林蛙3长白山地区的植物共现关系物种1物种2共现数量水曲柳红松79紫椴红松74红松蒙古栎58红松色木槭53紫椴蒙古栎48白桦红松46水曲柳紫椴45冷杉红松44紫椴色木槭43水曲柳色木槭40水曲柳蒙古栎38椴树红松38色木槭蒙古栎37山杨白桦36云杉冷杉35山杨红松34岳桦红松32云杉红松32水曲柳白桦30红松落叶松29春榆水曲柳29山杨水曲柳27春榆红松25春榆色木槭23春榆紫椴23山杨紫椴22春榆蒙古栎21白桦色木槭21白桦紫椴211,514篇文献11,

16、457条共现记录智库平台：科学数据和联合国可持续发展目标（SDG）文章-作者-国别-SDGs统计分析联合国SDG（可持续发展目标）1.消除平穷2.零饥饿3.健康福祉4.优质教育5.性别平等6.清洁饮用水和环卫设施7.经济适用的清洁能源8.体面工作和经济增长9.产业、创新和基础设施10.减少不平等11.可持续城镇12.负责任消费和生产13.应对气候变化14.保护海洋生态15.保护陆地生态16.公正、和谐和包容社会17.全球伙伴关系SDGs与研究国别关系单位文章数 作者数中国科学院103337北京师范大学47115清华大学39103北京大学2871中国科学院大学2444同济大学1648哈尔滨工业大

17、学1531武汉大学1534复旦大学1529香港城市大学1424大连理工大学1444香港大学1425重庆大学1350中国农业大学1337香港理工大学1325中山大学1225北京林业大学1226浙江大学1229四川大学1272智库平台团队：数据专家、政策管理专家、领域专家智库平台：地球大数据对联合国可持续发展目标（SDGs）支撑的研究内容：（1）SDG文献及现状调研；（2）数据收集和整理汇总；（3）SDG智库平台；1.中国航天战略研究院有关航空航天科技智库的研讨2.中国新闻出版研究院有关知识服务与资源库建设的研讨3.中科院科技战略咨询研究院有关科技智库建设的研讨4.中国科协有关科技智库数据中心建设

18、的研讨5.北京市科学技术情报研究所有关专题资源库建设的讨论6.北方科技信息研究所有关军事装备领域专题资源库建设的研讨欧空局（ESA）和联合国可持续发展目标（SDGs）SDG 10减少不平等World Bank、ILO、IMF、OECD等统计局、中国人民银行为其他项目提供能源、清洁水、食物和教育SDG 11可持续城市和社区UN-Habitat、UNDRR、WHO、UNODC等统计局、民政部、生态环境部ISS（国际空间站）、城市区域制图、大气质量监测、全球空气污染制图、整合应用项目：交通、卫星支撑世界遗产SDG 12负责人消费和生产UNEP、FAO、WTO、UNESCO-UIS等教育部、统计局IS

19、S（国际空间站）：闭环系统、康科迪亚南极工作站、Melissa：闭环生态系统SDG 13气候行动UNDRR、UNFCCC、UNESCO-UIS等民政部滑坡寻找计划、急诊区的医疗保障、沙漠监测、SMOS：海洋和地面水分监测、ESA气候变化倡议、大气成分和气候监测、南极/北极监测计划SDG 14水下生物UNEP、IOC-UNESCO、FAO、IUCN等住建部、农业部、统计局利用卫星追踪海洋动物、空间船舶跟踪、SMOS（土壤水分海洋盐度）计划、海洋安全、ESA和海洋、哥白尼海洋计划SDG 15陆地生物FAO、OECD、UNEP、World Bank、IUCN、CBD等林业局、住建部、生态环境部树木讲

20、述自己的故事、追踪生物多样性、火烧地区的土地利用变化监测、森林退化监测、森林火灾、土地覆盖地图SDG 16和平、正义与强大机构UNODC、UNICEF、World Bank、UNDP、OHCHR等公安部、统计局船只移动监测、海洋监测、利用卫星进行电子培训来支持非洲选举SDG 17促进目标实现的伙伴关系IMF、OECD、World Bank、ITU、WTO、UNEP、UNDP等统计局、工信部、财政部ESA伙伴计划ESA案例：http:/www.esa.int/Our_Activities/Preparing_for_the_Future/Space_for_Earth/ESA_and_the_S

21、ustainable_Development_Goals联合国SDG官网中的中国的实践案例案例名称及编号负责机构SDGs目标反电捕鱼网络：中国淡水生态系统连通性的巨大改善（29124）中国生物多样性保护与绿色发展基金会SDG 6.6，SDG 15.7SDGs实施中的良好案例和经验：德清县在中国东部长江三角洲通过鱼粮共生促进可持续农业和粮食安全方面的创新德清县政府信息中心SDG 2，SDG 6，SDG 12，SDG 13，SDG 14，SDG 15以农村人居环境治理成果撬动经济社会发展成效践行SDGs的德清经验德清县政府政策研究办公室SDG 1，SDG 6，SDG 8，SDG 9等SDGs本地监

22、测中国的先行实践国家基础地理信息中心SDG 17中法联合应对气候变化问题的可持续发展实践中法武汉生态示范城市总体规划武汉市土地利用和城市空间规划研究中心SDG 8，SDG 12，SDG 13“访问和检查”我们访问我们的提供商，并且提供专业的CSR（社会企业责任）建议富士施乐(中国)有限公司SDG 8，SDG 10，SDG 12，SDG 15等利用高浓度黄腐酸（Fujimin）促进土壤环境和植物健壮性，并实现森林资源大规模生产日本保护工程有限责任公司SDG 2，SDG 12，SDG 13，SDG 15践行2030年SDGs过程中的创新示范区发展外交部SDG1-SDG 17内蒙古科左后旗生态保护与

23、扶贫外交部SDG 1，SDG 10，SDG 15三北防护林外交部SDG 2，SDG 8，SDG 13，SDG 15等库布其沙漠与塞罕坝林场生态恢复与经济协调发展外交部SDG 1，SDG 10，SDG 15通过培育碳交易市场来应对气候变化外交部SDG 7，SDG 13综合利用统计和地理数据促进浙江省德清县社会治理（29724）外交部SDG 4，SDG 5，SDG 10，SDG 16中国企业努力践行可持续发展目标（29718）外交部SDG 1，SDG 4，SDG 8捷豹路虎希望学校项目与SDG目标相联系：优质教育-清洁饮水和卫生设施-减少不平等捷豹路虎（JLR）中国公司SDG 4，SDG 6，SD

24、G 10多维属性描述所有维度属性，关联起来！提纲1.现状和背景2.我国总体科学数据引用情况分析3.生物多样性领域案例GBIF集成发布工具（生物观测数据）1,601,660 occurrences,14 datasets,104 citations中科院节点中英文文献对数据的引用对比统计2007200620052004Kyle Copas(GBIF)Zheping Xu(GBIF CAS)6649569454374247829728135Full-text contain“GBIF”in Chinese ArticlesReferences conta

25、in“GBIF”in Chinese ArticlesGBIF-Cited Articles in Journal ListNO.Journal Title(in Chinese)Journal Title(in English)Articles1 生物多样性Biodiversity Science342 生态学报Acta Ecologica Sinica123 生态学杂志Chinese Journal of Ecology104 生物安全学报Journal of Biosafety95 植物检疫Plant Quarantine96 中国农业科学院(Thesis)Chinese Academy

26、 of Agricultural Sciences87 应用生态学报Chinese Journal of Applied Ecology88 菌物学报Mycosystema79 草业学报Acta Prataculturae Sinica710 植物分类与资源学报Plant Diversity and Resources711 科研信息化技术与应用 E-science Technology&Application712 植物保护Plant Protection613 图书情报工作Library and Information Service614世界科学技术-中医药现代化World Scienc

27、e and Technology/Modernization of Traditional Chinese Medicine and Materia Medica615 南京农业大学(Thesis)Nanjing Agricultural University6Co-occurrence Data Repository with GBIF in Chinese Articles1.GBIF:322.CVH:153.MNH:84.PAPC:45.NSII:4文章中的常见物种名称SpeciesArticles SpeciesArticles加拿大一枝黄花5 井冈寒竹属2互花米草4 草胡椒2黄顶菊4

28、 短柄草族2非洲橘硬蓟马3 梭梭2麻栎3 苦苣苔科2澳洲坚果3 毛翼管鼻蝠2苋属3 紫茎泽兰2银杏3 苍耳2薇甘菊3 中华猕猴桃2刺萼龙葵3 草地贪夜蛾2灰飞虱2 鲽形目2蛛网萼2 稻纵卷叶螟2青藏苔草2 青头潜鸭2银杉2 羊草2西藏飞蝗2 菊科2雀麦2 大熊猫2兰科2 何首乌2竹叶柴胡2 枸杞2丹参2 节节麦2叶蜂属2文章的物种名称标引(243 种)费菜,葡萄根瘤蚜,岩穴蕨,鼠尾草属,囊瓣芹属,喜旱莲子草,银毛龙葵,陀螺果,细足捷蚁,朝鲜淫羊藿,中国马尾松,大黄,野桂花,管花木犀,党参,东北红豆杉,牛膝菊,铁橡栎,天葵,刺蛾科,水盾草,红色木莲,黄花蒿,豚草,大薸,秦岭冷杉,桔梗,太白米,补

29、骨脂,檀香,广藿香,毒莴苣,黄芪,川内泽兰属,前胡,紫花前胡,香丝草,大花金鸡菊,假刺苋,木瓜秀粉蚧,对粒材小蠹,北美银钟花,地乌,杜仲,四子柳,长苞铁杉,当归,花天山花楸,雪豹,岩羊,间颅鼠兔,白尾鼹,乌桕,化橘红,阳春砂,巴戟天,沉香,水杨柳,巴拉圭瓜多竹,甜菜孢囊线虫,假高粱,美松齿小蠹,沙棘绕实蝇,缝锤小蠹,斑翅果蝇,鹤类,豆梨,云杉属,谷子,长林小蠹,赤材小蠹,人参,长花马先蒿,针茅属,飞机草,蚯蚓,灵芝,川黄柏,关黄柏,烟草,梣粉虱,畸形外囊菌,石蒜绵粉蚧,茯苓,川牛膝,黑果枸杞,红花槭,柑橘,空心莲子草,小花毛彩雀,假臭草,塔花,三旋丽卷螺,宽叶酢浆草,川续断,蒙古沙拐枣,紫玉兰

30、,中国山荆子,庙台槭,再力花,半夏,天麻,五爪金龙,长芒苋,达乌里秦艽,小叶栎,美雕齿小蠹,刺五加,三七,渔游蛇,小鳄龟,合被苋,橘绵粉虱,细辛,白及,白珠树属,深红龙胆,美味猕猴桃,反枝苋,降香黄檀,无叶假木贼,穗菝葜,金线莲,黄单胞菌属,栎属,白栎,钳嘴鹳,血皮槭,枫香树,油茶,魔芋,烟叶唇柱苣苔,橘小实蝇,风筝果属,缺齿蓑藓,红棕象甲,蓝莓,线虫,偶奇蹄目,粉蛉科,迎红杜鹃亚属,猪伪狂犬病毒,金柳珊瑚,米槁,菲菊头蝠,山蝇子草属,虎耳草属,野猪,马铃薯甲虫,等节茎蜂亚科,天师栗,茶条槭,栗斑腹鹀,玉蝉花,雌核发,马铃薯,脊尾白虾,薜荔,传粉小蜂,介壳虫,犬贾第虫,盲虾,桃金娘,玄参,七筋

31、菇,杉叶藻,黑三棱,香蒲属,棒头草,烟草青枯病,远志,台湾拟步甲,高原鼠兔,间颅鼠兔,鱼鳔槐属,山鹧鸪,雉类,黄腹山雀,黄眉林雀,舟山新木姜子,丹顶鹤,红腹锦鸡,长江华溪蟹,南丹参,白枕鹤,褐带皮蠊,Candidatus Liberibactersolanacearum,南酸枣,盘菌目,异型盘菌,虫霉目,膜盘菌属,Stamnaria americana,南方红豆杉,红豆杉,广陈皮,虎凤蝶属,红蝽,番荔枝实蝇,菊方翅网蝽,冷杉,火焰兰,中对长小蠹,松针红斑病,哀牢髭蟾,蒜头果,石蒜,秃杉,北美水貂,松齿小蠹,日本双棘长蠹,芒蛱蝶,黄缘蛱蝶,颗石藻,朱红毛斑蛾,木薯单爪螨,台湾叶蜂,台湾林檎,马铃

32、薯坏疽病菌,假苍耳,稻水象甲,扁蓿豆,羽叶铁线莲,水榆花楸,山荆子,建兰,湖北海棠,真菌,大眼长蝽,果实蝇,香蕉穿孔线虫,白蜡枯梢病菌,多藓种,腺龙葵,美国白蛾,蔗扁蛾,白花鬼针草,新疆千里光,北美刺龙葵,齿裂大戟,刺轴含羞草,婆婆纳属,南美蟛蜞菊,沼委陵菜文章中的地名标引（77篇）交互引用和FAIR原则过去未来CITATION出版物的静态固化数据动态更新如何响应和对应：格式、动态变化、碎片化资源提取链接等引用样式语言（CSL）小结和讨论 科学数据的动态更新和文献引用的静态固化是一对矛盾，在没有采用DOI的情况下，交互非常困难。DOI逐步常态化的背景下，如何应对历史问题。引用并不是一个静态化的过程，而要用动态的眼光来看待，要将引用和重用结合起来，促进标准化（CSL）的数据交互和流通，增加附加值。FAIR原则是未来的一个指引方向，数据要从静态阵地，转向多方流通渠道的设计，确保Keep moving（保持流动）。小（专题）数据的作用仍然重要，涓涓细流方能汇成大海。碎片化设计对接知识组织，规划很重要，能够形成很多专题产品。挑战与机遇并存，从“生态系统”角度去理解数据资源、知识和服务。未来是一个“组装时代”，包括：学科知识、数据、人、财、物、技术。理解和挖掘多样化服务方式，来适配个性化的服务场景，创新化的“资源+技术+领域知识”的服务模式。