财政信息系统和财政职能系统之间有着密切的关系。这种关系可以从三个方面来进行解释：一是财政信息系统在财政职能系统中的作用；二是财政信息系统与财政职能系统之间的协作关系；三是财政信息系统与财政职能系统之间的互补关系。

首先，财政信息系统在财政职能系统中具有核心地位。财政信息系统是支撑财政有效职能发挥的重要保障。它能够在财政职能执行过程中收集、储存、处理和分析各类财政信息，给财政职能更好的保障，让财政职能发挥的更加有效率。

其次，财政信息系统与财政职能系统之间具有协作关系。财政信息系统不仅能够收集分析财政信息，还能通过财政职能的配合，将结果及时反馈给财政职能，使之更好的发挥作用。另外，在信息技术发展日新月异的今天，财政信息系统定期更新，财政职能系统也应当定期更新，使其信息化水平更高，联系更紧密，以充分利用财政信息系统的资源，造福于社会的发展。

最后，财政信息系统与财政职能系统之间具有互补关系。财政信息系统和财政职能系统之间有着千丝万缕的联系，彼此之间存在着相互依赖、互补的关系，尤其是在政府财政支出安排方面，财政职能系统和财政信息系统依托财政权力进行支出安排，构成了对政府财政支出安排的双连接，从而相互得到保障。

综上所述，财政信息系统与财政职能系统之间的关系可以概括为财政信息系统在财政职能系统中的作用、财政信息系统与财政职能系统之间的协作关系、财政信息系统与财政职能系统之间的互补关系。研究这种关系，不仅能有效提高财政职能的发挥效率，而且有助于提高财政支出的科学性、合理性，促进财政政策的有效实施。